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写轮眼在开眼之后便进入进化阶段，过程可以分为四个阶段：普通写轮眼、万花筒写轮眼，永恒万花筒写轮眼以及轮回眼，每个新阶段都具备前一阶段写轮眼的全部能力，并随着进化产生新的瞳术和能力。
普通写轮眼[编辑]
普通写轮眼的进化又可分为三个阶段，主要的形态变化体现为眼珠内勾玉的增加，最初开眼之时眼珠内有一个勾玉，伴随查克拉的增强以及瞳术使用熟练程度和受到刺激程度的增加，普通写轮眼会不断进化，同时勾玉的数量也会成长。三勾玉的写轮眼，也是普通写轮眼的最高级形态。
万花筒写轮眼[编辑]
比普通写轮眼更高一级的是万花筒写轮眼，目前已知得透过亲眼看见至亲或亲友死亡(无论是否为亲手杀害)来获得。 每个人的万花筒写轮眼都有自己的形态特点，除了止水的手里剑型、佐助的六芒星型万花筒写轮眼，其余万花筒写轮眼的共同特点就是普通写轮眼的三个勾玉会相互连通成为一体。在未经过眼睛或身体组织移植的情况下，使用者施展万花筒写轮眼时会对眼睛造成伤害(如出血)，通常仅会在需要使用时切换到此型态，使用过度的话眼睛的功能会随着使用次数而衰退，最终导致失明。
宇智波一族达到万花筒写轮眼目前已知有七个人，宇智波斑、宇智波泉奈、宇智波带土、宇智波止水、宇智波鼬和宇智波佐助、宇智波富岳(动画675)，再加上宇智波申、移植宇智波带土左眼的卡卡西与宇智波止水右眼和宇智波申右臂的段藏的话共有十位。
永恒万花筒写轮眼[编辑]
写轮眼的最高级形态，进化方法极其苛刻，得透过自身已经打开万花筒写轮眼之宇智波一族者移植另一双万花筒写轮眼获得（双方必须是直属关系）。得到永恒万花筒写轮眼后，原本万花筒写轮眼的副作用也将消失，双眼将获得永远的光明（若使用过度会造成短暂视力衰退，但是之后会逐渐恢复），目前只知宇智波斑与宇智波佐助二人为摆脱用眼过度后严重衰退的视力与瞳力，移植亲生兄弟的眼睛后成功开眼。
轮回眼[编辑]
在永恒万花筒写轮眼之上，还有更高阶的轮回眼。轮回眼的开眼条件非常严苛，除了大筒木辉夜及六道仙人之外，靠后天条件开眼的只有宇智波斑与宇智波佐助。这两人都是六道仙人长子因陀罗的转生者，而开眼条件包含转生者身份之外，还必须拥有永恒万花筒写轮眼，以及阿修罗转生者(千手柱间的)的细胞，以及最后一个条件──濒死状态。宇智波斑将左胸伤口植入柱间细胞后，一直没有任何反应，直到将死之时，才开启轮回眼。宇智波佐助在被宇智波斑持剑刺入胸口后，也进入濒死状态，然后以转生者身份见到六道仙人，并被赋予六道“阴之力”，而佐助濒死的身体则被兜植入柱间细胞并治疗伤口，最后才得以开启左眼的勾玉轮回眼。